Программы экологической реабилитации территорий направлены на улучшение атмосферного воздуха, водной среды и почв. В некоторых случаях программа экологической реабилитации разрабатывается с целью экологизации определенного сектора экономики или конкретного объекта.
При обследовании и оценке экологического состояния территории, подлежащей экологической реабилитации, требуется проведение ряда исследований. В частности, необходимо определение валового содержания тяжелых металлов, характеризующее общую загрязненность, а также определение содержания подвижных форм. Последний показатель характеризует доступность тяжелых металлов для растений и их способность мигрировать в сопредельные среды.
Сравнительно новым направлением водохозяйственной деятельности является экологическая реабилитация водных объектов. Программа экологической реабилитации таких объектов обычно включает в себя следующие работы: расчистка донных отложений, удаление техногенного мусора, биологическая рекультивация.